A もちろんです。憲法28条と地方公務員法第3章第9節で保障されています。組合というと自分の賃上げや権利獲得といったイメージがあり、公務員は社会のために働きますので、不安に感じる方は少なくありませんが、公務員であったとしても、自分の私生活は大事ですし、家族もいたりします。そのために賃上げや権利獲得を要求するのは人として当然です。滅私奉公の時代ではありません。
日本ではマッカーサーの指令により、消防、警察、自衛隊などには組合が認められませんが、世界では消防はほとんど国で、警察は多くの国で組合が認められています。軍隊に労働組合がある国も少なくありません。
公務員は国の命令に上意下達に従うというのは、絶対王政の時代の考えであり、日本では戦前の考え方です。民主主義は下から上に意見を言うしくみであり、公務員の世界においても労働組合が大事です。