専門部として、障害児教育部（障教部）、定通部、女性部、実習教員部、事務現業職員部、青年部があります。 専門委員会として、司書、養護教諭、海事職があります。 それぞれの立場から、定期大会、総会、学習会などを行っています。
県内を長崎、佐世保、諌早、大村、島原、北松、西彼、五島、上五島、壱岐、対馬の11支部に分けて、支部毎の総会、学習会も行っています。 また、各支部の支部長、書記長は1ヶ月に一回程度は高教組本部に集まり、会議を開いています。本部と支部、分会が一体となった取り組みを目指しています。
